Mimo że bliźniaki jednojajowe mają identyczne DNA, często różnią się one pod względem podatności na choroby czy reakcji na szczepienia. Oznacza to, że wpływ środowiska jest kolejnym istotnym czynnikiem determinującym naszą skłonność do infekcji. Wpływ ten staje się coraz większy wraz z wiekiem, gdy nasze ciało jest dłużej narażone na kontakt ze szkodliwymi czynnikami środowiska, takimi jak chemikalia czy alergeny. Badania wykazały na przykład, że dzieci wychowane na farmach rzadziej chorują na alergie i astmę, co sugeruje, że wpływ środowiska może być istotniejszy niż geny w kształtowaniu naszego systemu odpornościowego.
Czynniki takie jak jakość powietrza, które oddychamy, pożywienie, które spożywamy czy ekspozycja na toksyny mogą mieć znaczący wpływ na naszą zdolność do walki z patogenami. Niektóre z tych czynników mają tak silny wpływ na układ oddechowy, reprodukcyjny czy nerwowy, że ich skutki mogą być odczuwane przez kolejne pokolenia, stając się w ten sposób dziedzicznym czynnikiem osłabionej odporności. Przykładem takich substancji są dioksyny, które dostają się do żywności pochodzenia zwierzęcego i wpływają na produkcję limfocytów T, chroniących nas między innymi przed wirusem grypy.